El término municipal de Huesa se halla al sur del Pico del Caballo (1.400 metros de altitud), ocupado casi totalmente por la Depresión del Guadiana Menor. Aprovechando los recursos de la vega fluvial del Guadiana Menor están atestiguados diversos asentamientos humanos en el término de Huesa.Desde tiempos de la Edad del Bronce, la zona del Guadiana Menor estuvo poblada por comunidades que aprovechaban la fertilidad de la vega. En cerro Negro, situado a unos cinco kilómetros al suroeste de Huesa, hay restos de un asentamiento de esta época en cuatro terrazas escalonadas.

La importancia de este territorio en la época ibérica (siglo IV antes de Cristo) se pone de manifiesto con el oppidum de Castellones de Ceal, situado en el límite del término de Huesa e Hinojares.

En la etapa ibérica, este territorio jugó un importante papel, al convertirse en uno de los lugares de paso del tránsito de mercancías entre las altiplanicies granadinas con el Alto Guadalquivir, particularmente de cerámica griega.

En la etapa romana se produjo una transformación de su paisaje agrario con la proliferación de explotaciones agropecuarias, villae, uno de esta es la del olivar de Brazo Fuerte, al este de la localidad.

Durante la época islámica Huesa estuvo muy unida a Tiscar y Belerda. Según el historiador árabe Ibn Hayyan las tres fueron atacadas y destruidas en el siglo IX por las tropas del emir 'Abd Allah. Pero poco después vuelven a repoblarse y siglos después serían los últimos enclaves en manos musulmanas de la sierra. Tras la conquista en 1231 por el obispo Ximénez de Rada de Quesada y Cazorla, los núcleos de Huesa, Tiscar y Belarda, se mantuvieron independientes bajo la dirección de Mohammed Handon. En 1275, aún sin conquistar, Alfonso X las cedió a Ubeda, quedando como un islote de realengo dentro del Adelantamiento. Esta situación se solventó cuando Alfonso XI entregó Quesada al Concejo de Ubeda en 1331.

Durante la ocupación islámica el emplazamiento de Huesa se situaba al pie de un impresionante farallón entre los 800 y los 900 m. de altura. Se han estudiado los restos de la fortaleza de Huesa al pie de dicho farallón, que hoy llaman la calle de los Moros, y que se protegía con las propias peñas naturales y con una doble muralla que se remonta al siglo XI.

Tras la conquista definitiva de Granada, el núcleo de Huesa entró en una etapa de consolidación, trasladándose su población a la llanura próxima, su actual emplazamiento.

Varias veces cambió todavía Huesa de manos, ya que, en 1436, tuvo que ser conquistada de nuevo por Iñigo López de Mendoza, marqués de Santillana, y de nuevo, en 1455, por Francisco de la Cueva. Esta conquista definitiva significó la concesión del título de condado de Huesa por el rey Enrique IV. Por otra parte, después de la conquista y desaparición del reino de Granada, Huesa inició un proceso de estabilización y repoblación, dependiendo del término municipal de Quesada hasta 1847. Pascual Madoz informa, por aquellos años, de la existencia de un manantial de agua sulfurosa fría, que se utilizaba para usos particulares.

La actual parroquia de Nuestra Señora de la Cabeza conserva de su época originaria del siglo XVIII la torre de planta cuadrada y que diferencia el cuerpo de campanas de los demás con una moldura. Guarda en su interior algunas tallas del siglo XVIII como la de Nuestro Padre Jesús Nazareno y la de Virgen de la Cabeza, Patrona de la localidad.

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